畜牧兽医学报 2023,54(5):2170-2185
A c t a V e t e r i n a r i a e t Z o o t e c h n i c a S i n i c a
d o i :10.11843/j
.i s s n .0366-6964.2023.05.037开放科学(资源服务)
标识码(O S I D )
:基于网络药理学分析蒲公英抗氧化功能
物质基础与作用机制
杨子辉1,2,董 朕1,2,伍蕙岚1,3,谭 斌1,2,曾建国1,
2*
(1.湖南农业大学中兽药湖南省重点实验室,长沙410128;2.湖南农业大学动物医学院,长沙410128;
3.湖南农业大学园艺学院,长沙410128
)
摘 要:本研究旨在基于网络药理学研究蒲公英抗氧化功能的物质基础和潜在作用机制,并对以蒲公英为原料开
发功能性植物提取物饲料添加剂提供指导㊂通过H E R B 本草组鉴数据库㊁T C M S P 数据库和S w i s s T a r g
e t P r e d i c -t i o n 网页工具筛选蒲公英中的活性成分以及潜在作用靶点,使用S w i s s A D M E 工具计算活性成分的理化性质,从G e n e C a r d s 数据库中获得与抗氧化相关的目的基因,使用C y t o s c a p e 和S T R I N G 数据库构建化合物-靶点-功能㊁化合物-靶点-通路可视化网络和蛋白质-蛋白质相互作用(P P I )网络,通过D A V I D 数据库进行基因本体论(G O )㊁京都基因和基因组百科全书(K E G G )途径富集分析,通过A B T S 法和F R A P 法对蒲公英不同提取组分进行了体外抗氧
化活性测定㊂结果显示:筛选到活性成分28个㊁化合物预测靶点296个㊁抗氧化靶点1371个和交集靶点135个㊂理化性质计算显示,活性成分中大部分为水溶性㊂蛋白质互作分析表明,J U N ㊁V E G F A ㊁S R C ㊁H S P 90A A 1和
MM P 9等20个关键蛋白可能在抗氧化功能中发挥关键作用㊂G O 和K E G G 富集分析表明,抗氧化功能可能与血管内皮生长因子通路㊁T N F 信号通路㊁MA P K 信号通路㊁I L -17信号通路和雌激素信号通路有关㊂体外抗氧化测定结果显示,蒲公英水提组分具有更高的抗氧化活性㊂综上表明,蒲公英中的水
溶性活性成分是其抗氧化功能的主要物质基础,为进一步开发抗氧化功能的蒲公英植物提取物饲料添加剂提供理论支持㊂关键词:蒲公英;网络药理学;抗氧化;物质基础;植物提取物饲料添加剂
中图分类号:S 853.72;S 816.79    文献标志码:A      文章编号:0366-6964(2023)05-2170-16
收稿日期:2022-10-20
基金项目:现代农业产业技术体系建设专项资金(C A R S -21
)作者简介:杨子辉(1987-),男,江西赣州人,博士后,主要从事植物提取物饲料添加剂开发与兽药残留分析,E -m a i l :y a n g
z i h u i _2006@163.c o m *通信作者:曾建国,主要从事中药资源与中兽药创制及植物提取物饲料添加剂开发研究,E -m a i l :z e n g j i a n g
u o @h u n a u .e d u .c n A n a l y
s i s o f t h e M a t e r i a l B a s i s a n d M e c h a n i s m o f A c t i o n o f A n t i o x i d a n t F u n c t i o n o f T a r a x a c u m m o n g o l i c u m b a s e d o n N e t w o r k P h a r m a c o l o g y
Y A N G Z i h u i 1,2
,D O N G Z h e n 1,2,WU H u i l a n 1,3,T A N B i n 1,2,Z E N G J i a n g
u o 1,2*
(1.K e y L a b o r a t o r y o f C h i n e s e V e t e r i n a r y M e d i c i n e i n H u n a n P r o v i n c e ,H u n a n A g
r i c u l t u r a l U n i v e r s i t y ,C h a n g s h a 410128,C h i n a ;2.C o l l e g e o f V e t e r i n a r y M
e d i c i n e ,H u n a n A g r i c u l t u r a l U n i v e r s i t y ,C h a n g s h a 410128,C h i n a ;3.C o l l e g e o
f H
o r t i c u l t u r e ,H u n a n A g r i c u l t u r a l U n i v e r s i t y ,C h a n g
s h a 410128,C h i n a )A b s t r a c t :T h e a i m o f t h i s s t u d y w a s t o i n v e s t i g
a t e t h e m a t e r i a l
b a s i s a n d p o t e n t i a l m e
c h a n i s m o f a c t i o n o f t h e a n t i o x i
d a n t f u n c t i o n o f T a r a x a c u m m o n g o l i c u m (T .m o n g
o l i c u m )b a s e d o n n e t -w o r k p h a r m a c o l o g y a n d t o p r o v i d e g u i d a n c e f o r t h e d e v e l o p m e n t o f T .m o n g
o l i c u m a s a f u n c t i o n -a l p l a n t e x t r a c t s f e e d a d d i t i v e .T h e a c t i v e i n g r e d i e n t s a n d p o t e n t i a l t a r g e t s i n T .m o n g
o l i c u m w e r e s c r e e n e d b y H E R B d a t a b a s e ,T C M S P d a t a b a s e a n d S w i s s T a r g
e t P r e d i c t i o n w e b t o o l ,a n d t h e p h y s i c o c h e m i c a l p r o p e r t i e s o
f t h e a c t i v e i n
g r e d i e n t s w e r e c a l c u l a t e d u s i n g S
w i s s A D M E t o o l ,
5期杨子辉等:基于网络药理学分析蒲公英抗氧化功能的物质基础与作用机制
a n d t h e t a r g e t g e n e s r e l a t e d t o a n t i o x i d a n t f u n c t i o n w e r e o
b t a i n e d f r o m G e n e C a r d s d a t a b a s e.
C o m p o u n d-t a r g e t-f u n c t i o n,c o m p o u n d-t a r g e t-p a t h w a y v i s u a l i z a t i o n n e t w o r k s a n d p r o t e i n-p r o t e i n i n t e r a c t i o n(P P I)n e t w o r k s w e r e c o n s t r u c t e d u s i n g C y t o s c a p e a n d S T R I N G d a t a b a s e s.G e n e o n-t o l o g y(G O)a n d K y o t o E n c y c l o p e d i a o f G e n e s a n d G e n o m e s(K E G G)p a t h w a y e n r i c h m e n t a n a l-y s i s w e r e p e r f o r m e d b y
D A V I D d a t a b a s e.I n v i t r o a n t i o x i d a n t a c t i v i t i e s o f d i f f e r e n t e x t r a c t f r a c-t i o n s o f T.m o n g o l i c u m w e r e d e t e r m i n e d b y A B T S a n d F R A P a s s a y s.T h e s c r e e n i n g y i e l d e d28 a c t i v e i n g r e d i e n t s,296c o m p o u n d p r e d i c t i o n t a r g e t s,1371a n t i o x i d a n t t a r g e t s a n d135i n t e r s e c-t i o n t a r g e t s.P h y s i c o c h e m i c a l c a l c u l a t i o n s s h o w e d t h a t m o s t o f t h e a c t i v e i n g r e d i e n t s w e r e w a t e r s o l u b l e.P r o t e i n-p r o t e i n i n t e r a c t i o n a n a l y s i s i n d i c a t e d t h a t20k e y p r o t e i n s,i n c l u d i n g J U N,V
E G-
F A,S R C,H S P90A A1a n d MM P9,m a y p l a y k e y r o l e s i n a n t i o x i d a n t f u n c t i o n.
G O a n d K E G G e n r i c h m e n t a n a l y s i s i n d i c a t e d t h a t a n t i o x i d a n t f u n c t i o n m a y b e r e l a t e d t o v a s c u l a r e n d o t h e l i a l g r o w t h f a c t o r p a t h w a y,T N F s i g n a l i n g p a t h w a y,MA P K s i g n a l i n g p a t h w a y,I L-17s i g n a l i n g p a t h w a y a n d e s t r o g e n s i g n a l i n g p a t h w a y.I n v i t r o a n t i o x i d a n t t e s t s s h o w e d h i g h e r a n t i o x i d a n t a c-t i v i t y o f a q u e o u s e x t r a c t s i n T.m o n g o l i c u m.T h e r e s u l t s s u g g e s t t h a t t h e w a t e r-s o l u b l e a c t i v e i n g r e d i e n t s i n T.m o n g o l i c u m a r e t h e m a i n m a t e r i a l b a s i s f o r i t s a n t i o x i d a n t f u n c t i o n,p r o v i d i n g t h e o r e t i c a l s u p p o r t f o r f u r t h e r d e v e l o p m e n t o f T.m o n g o l i c u m a s a n a n t i o x i d a n t f u n c t i o n a l f e e d a d d i t i v e.
K e y w o r d s:T a r a x a c u m m o n g o l i c u m;n e t w o r k p h a r m a c o l o g y;a n t i o x i d a n t;m a t e r i a l b a s i s;p l a n t e x t r a c t s f e e d a d d i t i v e
*C o r r e s p o n d i n g a u t h o r:Z E N G J i a n g u o,E-m a i l:z e n g j i a n g u o@h u n a u.e d u.c n
大量研究表明,氧化应激与慢性疾病和衰老的发展过程密切相关;在养殖动物中,氧化应激可能与动物福利㊁日常生产与疾病的发生有关㊂不同的动物试验表明,富含氧化脂肪酸的日粮摄入会导致血浆和组织维生素E浓度的降低以及脂质过氧化产物的增加[1-2]㊂氧化应激还与炎症的发生直接相关,
氧自由基的积累会激活炎症的关键调节因子N F-κB,影响炎症相关基因的转录㊂持续性的氧化应激会推进慢性炎症的进程,导致机体细胞和组织广泛损伤,与此有关的疾病被称为 自由基疾病 [3]㊂自由基疾病同样对养殖动物造成了巨大的影响,如猪的肺炎㊁肠炎和败血症,反刍动物的乳腺炎和肺炎,以及马的关节疾病等[4]㊂此外,炎症对养殖动物最直观的影响表现为生产性能降低,严重影响了动物福利和经济效益[5-6]㊂抗氧化剂的添加被认为是改善动物健康和生产性能的一种潜在的重要且廉价的替代方法[7]㊂植物来源的各种次生代谢产物正日益受到关注,许多植物次生代谢产物已被证明对人类和啮齿动物模型的健康产生广泛的有益影响[8],因此开发具有抗氧化功能的植物提取物添加剂很有必要㊂
蒲公英(T a r a x a c u m m o n g o l i c u m H a n d.-M a z z.,T.m o n g o l i c u m),又名婆婆丁㊁黄花地丁等,是菊科蒲公英属的多年生植物,种类和资源丰富,广泛分布于中国东北㊁华北等大部分地理区域以及韩国㊁欧洲和北美地区[9]㊂蒲公英是一种高营养附加价值的功能植物,含有维生素B㊁维生素C㊁钾㊁钙㊁镁㊁磷㊁铁等多种维生素和矿物质,可食率达84%[9]㊂随着保健品行业的发展,蒲公英的花㊁叶和根已经成为制作茶㊁糖㊁饮料和其他功能性食品的重要来源㊂除此之外,蒲公英也是一种常用中药,始载于‘唐本草“,具有清热解毒,消肿散结,利尿通淋等功效,常用于感染引起的炎症以及胃㊁十
二指肠溃疡的修复[10-12]㊂现代研究的大量证据也证实了蒲公英在体内外的许多生物学特性和分子机制,如抗菌㊁抗炎㊁抗氧化和胃保护作用[13-17]㊂蒲公英中富含次生代谢产物,如黄酮类㊁萜类和酚酸类化合物被认为是药理活性的物质基础[18-20]㊂同时,蒲公英作为可饲用天然植物被农业农村部收录于‘饲料原料目录“中,可用作饲料原料和开发植物提取物饲料添加剂㊂已有大量研究表明,在日粮中添加蒲公英(提取物)可以改善养殖动物氧化应激并提高生产性能[21],然而,蒲公英发挥抗氧化功能的物质基础和作用机制仍不完全明确㊂
1712
畜牧兽医学报54卷
天然植物中含有大量的活性化学成分,可以调
节各种生物靶点,这些靶点可能参与不同的生物过
程㊂然而,在大多数情况下不清楚是哪些成分在起
作用㊂网络药理学是一种新兴的方法,用于改善和
加速药物发现过程[22]㊂这种方法可以针对特定的疾病,结合生物学和化学,通过系统网络,推动疾病
靶标的发现和确定[23]㊂近年来,网络药理学已经逐渐被应用于饲料添加剂的开发指导中[24-25]㊂本研究拟通过网络药理学方法分析蒲公英发挥抗氧化功能的物质基础与潜在作用机制,为蒲公英提取物饲料添加剂的开发提供理论基础与方向㊂
1材料与方法
1.1仪器与试剂
超纯水由实验室纯水系统P U R E L A B P h a r m a C o m p l i a n c e制备,美国E L G A L a b W a t e r;分析级乙醇和乙酸乙酯,国药集团化学试剂有限公司;A B T S 快速法和F R A P法总抗氧化能力检测试剂盒,上海碧云天生物技术;I n f i n i t e E P l e x全波长多功能微孔板检测仪,瑞士T e c a n T r a d i n g A G;R-300旋转蒸发仪,瑞士B U C H I L a b o r t e c h n i k A G㊂buchi
1.2蒲公英活性成分筛选
通过H E R B本草组鉴数据库(h t t p://h e r b.a c.
c n/)收集蒲公英中的化学成分㊂使用中医药系统药理数据库和分析平台(T C M S P)(h t t p s://t c m s p-e.
c o m/t c m s p.p h p)[26]以及S w i s s A D M E(h t t p:// w w w.s w i s s a
d m e.c h/)[27]对化合物进行筛选㊂由于氧化应激对肠道的重要影响,故不设置口服利用度条件,T C M S P设置类药性(D r u g l i k
e n e s s,D L)ȡ0.18,S w i s s A D M E设置类药性满足任意3种评价模型(L i p i n s k i㊁G h o s e㊁V e b e r㊁E g a n和M u e g g e)合格(Y e s)且生物利用度评分(B i o a v a i l a b i l i t y S c o r e)ȡ0.55[28]㊂
1.3亲脂性与水溶性计算
使用S w i s s A D M E(h t t p://w w w.s w i s s a d m e.
c h/i n
d
e x.p h p)[27]对筛选得到的化合物进行亲脂性(l i p o p h i l i c i t y)和水溶性(w a t e r s o l u b i l i t y)模拟计算㊂以水油分配系数(l o g P o/w)和溶解度(l o g S)为标准对化合物进行区分,判断标准如下:l o g P o/w<3为亲水性,>3为亲脂性[29];l o g S:不可溶<-10<;难溶<-6<;中等可溶<-4<;可溶<-2<;极易溶<0<;过高溶解性[30]㊂1.4靶点预测与网络可视化
通过S w i s s T a r g e t P r e d i c t i o n(h t t p://w w w. s w i s s t a r g e t p r e d i c t i o n.c h/)[31]对符
合条件的化合物进行靶点预测㊂使用G e n e C a r d s :T h e H u m a n G e n e D a t a b a s e数据库(h t t p s://w w w.g e n e c a r d s. o r g/)[32]获得抗氧化(a n t i-o x i d a n t)相关的靶点㊂将化合物预测靶点和抗氧化相关靶点作交集,然后通过C y t o s c a p e3.9.1绘制化合物-靶点-功能网络图㊂1.5蛋白质互相作用分析
将交集靶点输入S T R I N G数据库(v e r s i o n: 11.5,h t t p s://c n.s t r i n g-d b.o r g/)[33],物种设置为智人(H o m o S a p i e n s),得到蛋白质-蛋白质互相作用(p r o t e i n-p r o t e i n i n t e r a c t i o n,P P I)网络,再导入C y t o s c a p e3.9.1中使用极大团中心度(m a x i m a l c l i q u e c e n t r a l i t y,M C C)算法得到P P I网络中T O P 20的核心蛋白靶点㊂
1.6基因富集分析
将核心蛋白靶点导入D A V I D数据库(v e r s i o n: 6.8,h t t p s://d a v i d.n c i f c r f.g o v/)[34],物种设置为H o-m o S a p i e n s,进行G e n e O n t o l o g y(G O)和K y o t o E n c y-
c l o p e
d i a o f G
e n e s a n d G e n o m e s(K E G G)富集分析㊂
1.7抗氧化活性测试
1.7.1供试品制备蒲公英全草购自安徽亳州中药材市场,采用丁婷玉等[35]的方法分别用水㊁70%乙醇和乙酸乙酯对100g蒲公英粉末(过1号筛)进行加热回流提取2次,合并滤液,减压冷冻干燥,粉碎后于-80ħ保存备用㊂
1.7.2 A B T S自由基清除试验将10μL不同浓度的蒲公英提取物溶液(0.5~
2.5m g㊃m L-1,提取溶剂溶解)㊁20μL过氧化氢酶工作液与170μL A B T S工作液混合,在25ħ下孵育6m i n㊂在414n m 下记录吸光度的变化㊂A B T S自由基清除率以A B T S自由基抑制率表示,计算公式:
A B T S抑制率%=A对照-A样品
A对照ˑ100
其中,A对照和A样品分别指对照和样品的吸光度㊂1.7.3 F R A P测定法将5μL不同浓度的蒲公英提取物溶液(0.5~2.5m g㊃m L-1,提取溶剂溶解)与180μL的F R A P工作液混合,在37ħ下孵育30m i n㊂在593n m下测量吸光度㊂通过F R A P 测量的抗氧化能力以每克样品中水溶性维生素E (T r o l o x)当量的毫克数(m g㊃g-1)表示㊂
2712
5期杨子辉等:基于网络药理学分析蒲公英抗氧化功能的物质基础与作用机制
2结果
2.1蒲公英活性成分筛选
从H E R B数据库中获取到67个化合物,通过类药性筛选,并剔除维生素及矿物质类营养物质,得到符合条件的化合物共28个(表1),主要包含酚酸类(绿原酸㊁对羟基苯甲酸㊁对羟基丙酸等)㊁黄酮类(槲皮素㊁芦丁)㊁萜类(羟基蓍含蓍素㊁蒲公英酸㊁蒲公英苦素等)和萜类天然素(菊黄质㊁叶黄呋喃素)等㊂
表1蒲公英的活性成分
T a b l e1A c t i v e c o m p o n e n t s o f T.m o n g o l i c u m
编号N o.
成分编号
I n g r e d i e n t I D
化合物名称
C o m p o u n d n a m e
分类
C a t e g o r i e s
P G Y1H B I N00036311β,13-二氢蒲公英酸β吡喃葡萄糖酯
11β,13-d i h y d r o t a r a x i n i c a c i dβ-g l u c o p y r a n o s y l e s t e r
萜T e r p e n e
P G Y2H B I N0017733,3,4a-三甲基-3a-[(1E)-3-氧亚基丁-1-烯基]-1a,2,3,3a,4a,
4b-六氢氧杂环丙烷并[2',3':3,4]环己并[1,2-b]氧杂环丙烷-2-酮
1,6,6-t r i m e t h y l-7-(3-o x o b u t-1-e n y l)-3,
8-d i o x a t r i c y c l o[5.1.0.0(2,4)]o c t a n-5-o n e
萜T e r p e n e
P G Y3H B I N0068285-甲基-2-(2-甲基丙-2-基)-1,3-二氧杂环戊烷-4-甲酸
2-t-b u t y l-5-m e t h y l-[1,3]d i o x o l a n e-4-c a r b o x y l i c a c i d
有机酸O r g a n i c a c i d
P G Y4H B I N0083841-(1,1,4-三甲基-1a,2,5,5a-四氢环丙并[1,2-a][6]轮烯-3-基)乙-1-酮
1-(4,7,7-t r i m e t h y l-3-b i c y c l o[4.1.0]h e p t-3-e n y l)e t h a n o n e
萜T e r p e n e
P G Y5H B I N010444(2S,3R,4S,5S,6R)-2-[(5-羟基-1,3-二甲氧基苯-2-基)氧基]-
6-(羟基甲基)四氢吡喃-3,4,5-三醇
4-h y d r o x y-2,6-d i m e t h o x y p h e n o l-1-o-β-d-g l u c o p y r a n o s i d e
苯丙素类P h e n y l p r o p a n o i d
P G Y6H B I N0109465,10-二乙氧基-1,2,3,6,7,8-六氢二吡咯并[1,2-a:1',2'-d]吡嗪
5,10-d i e t h o x y-2,3,7,8-t e t r a h y d r o-1h,
6h-d i p y r r o l o[1,2-a.1',2'-d]p y r a z i n e
生物碱A l k a l o i d
P G Y7H B I N0121615a-乙酰基-1,4,4-三甲基六氢环丙并[1,2-a][6]轮烯-2-酮
6-a c e t y l-4,4,7-t r i m e t h y l b i c y c l o[4.1.0]h e p t a n-2-o n e
萜T e r p e n e
P G Y8H B I N016904(3a S,3S,5a R,6R,9a S,9b S,9S)-6-羟基-3,5a,
9-三甲基十二氢萘并[1,2-b]呋喃-2,8-二酮
A r s a n i n
萜T e r p e n e
P G Y9H B I N016938(3a S,5a R,6R,9b S,9S)-6-羟基-5a,9-二甲基-3-
甲亚基十二氢萘并[1,2-b]呋喃-2,8-二酮
A r t e c a l i n
萜T e r p e n e
P G Y10H B I N018278β-谷甾醇
B e t a-s i t o s t e r o l
甾醇S t e r o l
P G Y11H B I N020363绿原酸
C h l o r o g e n i c a c i d
酚酸
P h e n o l i c a c i d
P G Y12H B I N020427菊黄质
C h r y s a n t h e m a x a n t h i n
萜T e r p e n e
P G Y13H B I N023435羟基蓍含蓍素
D e s a c e t y l m a t r i c a r i n
萜T e r p e n e
P G Y14H B I N0259714-羟基苯基乙酸乙酯
E t h y l p-h y d r o x y p h e n y l a c e t a t e
酚酸
P h e n o l i c a c i d
P G Y15H B I N026570叶黄呋喃素
F l a v o x a n t h i n
T e r p e n e (转下页 C a r r i e d f o r w a r d)
3712
畜 牧 兽 医 学 报54卷
(续表1 C o n t i n u e d
)编号
N o .成分编号
I n g
r e d i e n t I D 化合物名称
C o m p
o u n d n a m e 分类C a t e g o r i e s P G Y 16H B I N 0358164-羟基甲酯M t h y l 4-h y d r o x y p h e n y
l a c e t a t e 酚酸P h e n o l i c a c i d
P G Y 17H B I N 039666对羟基
p -h y d o r x y p h e n y
l a c e t i c a c i d 酚酸
P h e n o l i c a c i d P G Y 18H B I N 039673对羟基苯甲酸酯p -h y d r o x y b e n z o a t e 酚酸P h e n o l i c a c i d
P G Y 19H B I N 039707对羟基苯丙酸
p -h y d r o x y p h e n y l p r o p
i o n i c a c i d 酚酸
P h e n o l i c a c i d P G Y 20H B I N 041495槲皮素Q u e r c e t i n 黄酮
F l a v o n o i d P
G Y 21
H B
I N 042670芦丁
R u t i n
黄酮F l a v o n o i d P G Y 22H B I N 045261(+)-丁香脂素(+)-S y r i n g a r e s i n o l 木质素L i g n i n P G Y 23H B I N 045548蒲公英酸
T a r a x i n i c a c i d
萜T e r p e n e P G Y 24H B I N 045550蒲公英酸β-吡喃葡萄糖酯T a r a x i n i c a c i d β-g l u c o p y r a n o s y
l e s t e r 萜T e r p e n e P G Y 25H B I N 046806反式对羟基肉桂醇
t r a n s -p -c o u m a r y l a l c o h o l 萜T e r p e n e P G Y 26H B I N 046808反式对羟基肉桂醛
t r a n s -p -c o u m a r y l a l d e h y
d e 萜T e r p e n e P G Y 27H B I N 045547蒲公英苦素T a r a x i c i n
萜T e r p e n e P G Y 28
H B I N 045549
蒲公英酸-1'-o -β
-d -吡喃葡萄糖苷T a r a x i n i c a c i d -1'-o -β
-d -g l u c o p y r a n o s i d e 萜T e r p e n e 2.2 化合物的亲脂性与水溶性分析
通过S w i s s A D M E 对28个化合物进行理化性质的预测分析,结果如表2所示㊂l o g P<3的化合
物共有27个,仅P G Y 10(β
-谷甾醇)显示出明显的亲脂性㊂l o g S>-4的化合物共有2
6个,仅P G Y 10和P G Y 22的l o g S<-4,
但P G Y 22的l o g S 为-4.01,接近判定界限,结合l o g P 的结果
认为蒲公英中的活性化合物绝大多数为水溶性㊂
2.3 化合物-靶点-功能网络构建与拓扑分析通过S w i s s T a r g e t P r e d i c t i o n 工具预测获得蒲公英活性化合物潜在靶点296个㊂从G e n e c a r d s 数据库中获得抗氧化相关靶点4355个,
以相关性评分(R e l e v a n c e s c o r e )ȡ0.5为标准,
通过筛选最终获得1371个靶点㊂将预测得到的化合物靶点和抗氧
化相关靶点作交集得到135个交集靶点(图1)㊂通过C y t o s c a p
e 3.9.1绘制蒲公英抗氧化的化合物-靶点-功能网络图(图2)㊂网络由151个节点(n o d e
)和400条(e d g e )边组成,其中,度值(d e g
r e e )ȡ10的化合物节点有8个,最高的为P G Y 20(60)
,依次为P G Y 13(45)㊁P G Y 23(37)㊁P G Y 9(29)㊁P G Y 8(22)
㊁P G Y 16(18)㊁P G Y 19(15)和P G Y 10(13)㊂靶点中度值最大的为醛酮还原酶家族1成员B (A l d o -K e t o
R e d u c t a s e F a m i l y 1M
e m b e r B ,A K R 1B 1),其次为细胞素P 450家族19亚家族A 成员1(c y
t o -c h r o m e P 450f a m i l y 19s u b f a m i l y A m
e m b e r 1,C Y P 19A 1A )㊁前列腺素-内过氧化物合成酶2(p r o s -t a g l a n d i n -e n d o p e r o x i d e s y
n t h a s e 2,P T G S 2)和蛋白激酶C α(p r o t e i n k i n a s e C a l p
h a ,P R K C A )等㊂2.4 蛋白互作(P P I
)网络构建与分析将交集靶点导入S T R I N G 数据库得到P P I 网络,该网络由133个节点和1472条边组成,
每个节点平均与22.135个节点相连接㊂使用c y
t o H u b b a 程序中的M C C 算法[36
]计算得到P P I 网络中T o p
20的核心蛋白靶点,如图3和表3所示㊂排名依次为
4
712